Projetos de Pesquisa

 

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Afranio Lineu Kritski

Ciências da Saúde

Medicina
  • infecção mista com diferentes linhagens de mycobacterium .tuberculosis ou micobactérias não tuberculosas: papel no diagnóstico e tratamento da tb e tb resistente
  • A epidemia mundial de TB é parcialmente impulsionado pela co-infecção com HIV e ao surgimento de cepas de M. tuberculosis multirresistente (MDR) e extensivamente resistente (XDR). Os recentes avanços na preparação da amostra e sequenciamento de DNA oferecem uma oportunidade de explorar infecções mistas no contexto da TB. Infecções mistas em TB foram altamente negligenciadas, e existem poucos dados empíricos que diz respeito ao seu impacto sobre o resultado do tratamento. Outro campo negligenciado na pesquisa TB é a hetero-resistência que se refere a ocorrência simultânea de cepas de Mtb sensíveis e resistentes aos fármacos num mesmo indivíduo. Hetero-resistência pode surgir durante o tratamento do paciente ou na fase inicial do tratamento por meio de co-infecção inicial ou superinfecção sequencial de diferentes estirpes de M. tuberculosis, com diferentes perfis de susceptibilidade aos fármacos. Alguns estudos têm relatado que os pacientes de TB e co-infectados com HIV estavam mais propensos a transportar vários genótipos de M. tuberculosis, mas não se sabe se e como isso se relaciona com má evolução ao tratamento anti-TB. Além disso, pouco se sabe sobre o impacto da co-infecção HIV sobre a evolução da TB MDR/XDR. Para cobrir estas lacunas de conhecimento, pretendemos estudar pacientes com TB no Rio de Janeiro e aplicar melhores técnicas de genotipagem e sequenciamento do genoma inteiro (WGS) de Mtb isolados diretamente a partir de amostras de escarro.
  • Universidade Federal do Rio de Janeiro - RJ - Brasil
  • 31/01/2017-31/01/2021
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Afranio Lineu Kritski

Ciências da Saúde

Medicina
  • desenvolvimento e validação de modelos computacionais operativos para a cascata diagnostica e terapêutica da tb resistente, por meio da análise clínica e econômica do sequenciamento gênico direcionado de nova geração, em unidades de saúde de referência
  • A tuberculose (TB) é a principal causa de morte entre as doenças infecciosas em todo o mundo, onde cerca de 10,4 milhões de pessoas adoeceram em 2016. A TB resistente a medicamentos (TB-DR) é uma ameaça contínua com 600.000 novos casos com resistência à rifampicina / RIF, dos quais 490.000 tinham tuberculose multirresistente (MDR-TB - resistente ao mesmo tempo a RIF e isoniazida / INH). Entre os casos estimados de TB-DR, cerca de 60% ocorrem nos países do BRICS (Brasil, Rússia, Índia, China e África do Sul). Tradicionalmente, os resultados do teste de suscetibilidade aos antimicrobianos (TSA) da TB leva de 4 a 8 semanas, quando o tratamento usualmente já começou, sem evidência suficiente para a sua eficácia, o que resulta em falência do tratamento ou o desenvolvimento de resistência adquirida aos medicamentos. A Organização Mundial de Saúde (OMS) recomenda TSA universal aos fármacos usados contra o complexo Mycobacterium tuberculosis (MTB) para orientar as decisões de tratamento. Nos últimos anos, os testes moleculares Xpert MTB / RIF e Fita Hain foram recomendados pela OMS e aumentaram o número de pacientes com TB-DR bacteriologicamente confirmada e detectada, reduziram o tempo entre a triagem e o início do tratamento. No entanto, apesar dos testes serem realizados em 2 a 24 horas em nível laboratorial, eles não aumentaram a proporção de sucesso de tratamento e nem reduziram a proporção de mortalidade. Para a TB-MDR, as lacunas na obtenção do diagnóstico correto e acesso ao tratamento efetivo são ainda mais críticas. Recentemente, foi publicada uma extensa análise da cascata diagnóstica e terapêutica na TB-MDR, destacando a necessidade de acesso a diagnósticos oportunos e de qualidade assegurada e a inclusão de novos sistemas de informação que agilizem a tomada de decisão rápida e adequada para a adoção de tratamento simplificado e mais efetivo. Novas tecnologias, como o sequenciamento genômico completo (WGS), estão disponíveis e têm sido indicadas para a obtenção simultânea de informações sobre o perfil de suscetibilidade, linhagens, patogenicidade e transmissão de bacilos e apoiar o estudo epidemiológico da transmissão do MTB, em nível local e global. Tem-se observado uma alta sensibilidade e especificidade usando WGS para os medicamentos de primeira linha INH e RIF; no entanto, uma há variação substancial na precisão do WGS com os medicamentos de segunda linha. O custo do WGS foi reduzido e pode ser útil em futuro próximo. Recentemente, o sequenciamento gênico direcionado de nova geração (T-NGS) tem sido proposto para a vigilância da saúde no campo da TB, mas também tem o potencial de orientar o manejo clínico dos pacientes, gerar dados para a formulação de políticas e melhorar o desenvolvimento de testes diagnósticos. Mas até o momento, não foram descritos resultados do T-NGS que proporcionem: a) dados de sequências clinicamente relevantes do genoma do MTB utilizando amostras clínicas (por exemplo, escarro espontâneo) e; b) impacto clínico e econômico na cascata de diagnóstico e tratamento da TB-DR, utilizando um sistema de informações de suporte que proporcione interoperabilidade, em países de alta carga, onde são mais necessários. Diante do exposto, pretendemos realizar um ensaio clínico pragmático (antes e depois) para analisar o impacto clínico e econômico da incorporação do T-NGS na rotina de atendimento na cascata de diagnóstica e terapêutica de pacientes com provável TB-DR, utilizando o novo sistema de informação (Sistema de Apoio à Decisão para Tuberculose/SAD-TB), em 5 sites no Brasil. Durante o projeto de 3 anos proposto, em regiões com alta taxa de TB-DR, co-infecção por HIV e baixo nível socioeconômico, pretende-se comparar, com a rotina atual de atendimento de pacientes suspeitos de TB-DR, o uso de T-NGS nos serviços de saúde participantes, no intuito de responder as seguintes questões: 1. analisar o desempenho do T-NGS a partir de amostras de escarro direto na previsão de perfis de suscetibilidade aos antimicrobianos; 2. desenvolver um SAD-TB que promova a interoperabilidade dos sistemas de informação locais disponíveis, permitindo o registro, acompanhamento e avaliação de pacientes com TB. 3. estimar a relação de custo-efetividade incremental e impacto orçamental da implementação do T-NGS em comparação com a rotina de cuidados; 4. realizar um modelo operacional utilizando os dados empíricos coletados nos sites participantes e definir o melhor algoritmo de diagnóstico e tratamento a ser incorporado nos sites participantes. Como produto final, esperamos aumentar a proporção de casos de TB-DR corretamente diagnosticados e tratados com um regime de TB individualizado, resultando em uma proporção de sucesso de tratamento maior (15%) e menor proporção de mortalidade de TB-DR (8%) . Além disso, em conjunto com o PNCT-SVS-MS, com a análise do impacto clínico e orçamentário no sistema de saúde e o desenvolvimento do modelo operacional, espera-se que essa abordagem promova / intensifique: a) a mudança na política Nacional e Global de diagnóstico e tratamento da TB-DR e b) a alocação de recursos para a avaliação de expansão do T-NGS e SAD-TB em outras regiões do pais
  • Universidade Federal do Rio de Janeiro - RJ - Brasil
  • 10/11/2018-30/11/2021