Projetos de Pesquisa

 

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Afranio Lineu Kritski

Ciências da Saúde

Medicina
  • infecção mista com diferentes linhagens de mycobacterium .tuberculosis ou micobactérias não tuberculosas: papel no diagnóstico e tratamento da tb e tb resistente
  • A epidemia mundial de TB é parcialmente impulsionado pela co-infecção com HIV e ao surgimento de cepas de M. tuberculosis multirresistente (MDR) e extensivamente resistente (XDR). Os recentes avanços na preparação da amostra e sequenciamento de DNA oferecem uma oportunidade de explorar infecções mistas no contexto da TB. Infecções mistas em TB foram altamente negligenciadas, e existem poucos dados empíricos que diz respeito ao seu impacto sobre o resultado do tratamento. Outro campo negligenciado na pesquisa TB é a hetero-resistência que se refere a ocorrência simultânea de cepas de Mtb sensíveis e resistentes aos fármacos num mesmo indivíduo. Hetero-resistência pode surgir durante o tratamento do paciente ou na fase inicial do tratamento por meio de co-infecção inicial ou superinfecção sequencial de diferentes estirpes de M. tuberculosis, com diferentes perfis de susceptibilidade aos fármacos. Alguns estudos têm relatado que os pacientes de TB e co-infectados com HIV estavam mais propensos a transportar vários genótipos de M. tuberculosis, mas não se sabe se e como isso se relaciona com má evolução ao tratamento anti-TB. Além disso, pouco se sabe sobre o impacto da co-infecção HIV sobre a evolução da TB MDR/XDR. Para cobrir estas lacunas de conhecimento, pretendemos estudar pacientes com TB no Rio de Janeiro e aplicar melhores técnicas de genotipagem e sequenciamento do genoma inteiro (WGS) de Mtb isolados diretamente a partir de amostras de escarro.
  • Universidade Federal do Rio de Janeiro - RJ - Brasil
  • 31/01/2017-31/01/2021
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Afranio Lineu Kritski

Ciências da Saúde

Medicina
  • desenvolvimento e validação de modelos computacionais operativos para a cascata diagnostica e terapêutica da tb resistente, por meio da análise clínica e econômica do sequenciamento gênico direcionado de nova geração, em unidades de saúde de referência
  • A tuberculose (TB) é a principal causa de morte entre as doenças infecciosas em todo o mundo, onde cerca de 10,4 milhões de pessoas adoeceram em 2016. A TB resistente a medicamentos (TB-DR) é uma ameaça contínua com 600.000 novos casos com resistência à rifampicina / RIF, dos quais 490.000 tinham tuberculose multirresistente (MDR-TB - resistente ao mesmo tempo a RIF e isoniazida / INH). Entre os casos estimados de TB-DR, cerca de 60% ocorrem nos países do BRICS (Brasil, Rússia, Índia, China e África do Sul). Tradicionalmente, os resultados do teste de suscetibilidade aos antimicrobianos (TSA) da TB leva de 4 a 8 semanas, quando o tratamento usualmente já começou, sem evidência suficiente para a sua eficácia, o que resulta em falência do tratamento ou o desenvolvimento de resistência adquirida aos medicamentos. A Organização Mundial de Saúde (OMS) recomenda TSA universal aos fármacos usados contra o complexo Mycobacterium tuberculosis (MTB) para orientar as decisões de tratamento. Nos últimos anos, os testes moleculares Xpert MTB / RIF e Fita Hain foram recomendados pela OMS e aumentaram o número de pacientes com TB-DR bacteriologicamente confirmada e detectada, reduziram o tempo entre a triagem e o início do tratamento. No entanto, apesar dos testes serem realizados em 2 a 24 horas em nível laboratorial, eles não aumentaram a proporção de sucesso de tratamento e nem reduziram a proporção de mortalidade. Para a TB-MDR, as lacunas na obtenção do diagnóstico correto e acesso ao tratamento efetivo são ainda mais críticas. Recentemente, foi publicada uma extensa análise da cascata diagnóstica e terapêutica na TB-MDR, destacando a necessidade de acesso a diagnósticos oportunos e de qualidade assegurada e a inclusão de novos sistemas de informação que agilizem a tomada de decisão rápida e adequada para a adoção de tratamento simplificado e mais efetivo. Novas tecnologias, como o sequenciamento genômico completo (WGS), estão disponíveis e têm sido indicadas para a obtenção simultânea de informações sobre o perfil de suscetibilidade, linhagens, patogenicidade e transmissão de bacilos e apoiar o estudo epidemiológico da transmissão do MTB, em nível local e global. Tem-se observado uma alta sensibilidade e especificidade usando WGS para os medicamentos de primeira linha INH e RIF; no entanto, uma há variação substancial na precisão do WGS com os medicamentos de segunda linha. O custo do WGS foi reduzido e pode ser útil em futuro próximo. Recentemente, o sequenciamento gênico direcionado de nova geração (T-NGS) tem sido proposto para a vigilância da saúde no campo da TB, mas também tem o potencial de orientar o manejo clínico dos pacientes, gerar dados para a formulação de políticas e melhorar o desenvolvimento de testes diagnósticos. Mas até o momento, não foram descritos resultados do T-NGS que proporcionem: a) dados de sequências clinicamente relevantes do genoma do MTB utilizando amostras clínicas (por exemplo, escarro espontâneo) e; b) impacto clínico e econômico na cascata de diagnóstico e tratamento da TB-DR, utilizando um sistema de informações de suporte que proporcione interoperabilidade, em países de alta carga, onde são mais necessários. Diante do exposto, pretendemos realizar um ensaio clínico pragmático (antes e depois) para analisar o impacto clínico e econômico da incorporação do T-NGS na rotina de atendimento na cascata de diagnóstica e terapêutica de pacientes com provável TB-DR, utilizando o novo sistema de informação (Sistema de Apoio à Decisão para Tuberculose/SAD-TB), em 5 sites no Brasil. Durante o projeto de 3 anos proposto, em regiões com alta taxa de TB-DR, co-infecção por HIV e baixo nível socioeconômico, pretende-se comparar, com a rotina atual de atendimento de pacientes suspeitos de TB-DR, o uso de T-NGS nos serviços de saúde participantes, no intuito de responder as seguintes questões: 1. analisar o desempenho do T-NGS a partir de amostras de escarro direto na previsão de perfis de suscetibilidade aos antimicrobianos; 2. desenvolver um SAD-TB que promova a interoperabilidade dos sistemas de informação locais disponíveis, permitindo o registro, acompanhamento e avaliação de pacientes com TB. 3. estimar a relação de custo-efetividade incremental e impacto orçamental da implementação do T-NGS em comparação com a rotina de cuidados; 4. realizar um modelo operacional utilizando os dados empíricos coletados nos sites participantes e definir o melhor algoritmo de diagnóstico e tratamento a ser incorporado nos sites participantes. Como produto final, esperamos aumentar a proporção de casos de TB-DR corretamente diagnosticados e tratados com um regime de TB individualizado, resultando em uma proporção de sucesso de tratamento maior (15%) e menor proporção de mortalidade de TB-DR (8%) . Além disso, em conjunto com o PNCT-SVS-MS, com a análise do impacto clínico e orçamentário no sistema de saúde e o desenvolvimento do modelo operacional, espera-se que essa abordagem promova / intensifique: a) a mudança na política Nacional e Global de diagnóstico e tratamento da TB-DR e b) a alocação de recursos para a avaliação de expansão do T-NGS e SAD-TB em outras regiões do pais
  • Universidade Federal do Rio de Janeiro - RJ - Brasil
  • 10/11/2018-30/11/2021
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Afranio Rodrigues Pereira

Ciências Exatas e da Terra

Física
  • ressonância e acoplamento entre gelos de spin artificiais termodinâmicos e supercondutores
  • Nesta proposta investigaremos a termodinâmica de GSA fabricados através de desbaste físico de filmes finos com 25nm de Gadolínio ou Nitreto de Gadolínio, os filmes são crescidos por Sputtering pelo grupo do professor Moodera no Massachusetts Institute of Technology MIT – USA e nanofabricados no INL, mas passarão a ser crescidos e nanofabricados no LabSpiN, com a aquisição de sistema de nanolitografia. Também serão realizadas investigações teórico-experimentais basicas do acoplamento mediado por portadores de carga por medidas de magnetização e ressonância em função da temperatura e da transição supercondutoras da camada metálica interligando as ilhas.
  • Universidade Federal de Viçosa - MG - Brasil
  • 18/02/2019-28/02/2022
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Agma Juci Machado Traina

Ciências Exatas e da Terra

Ciência da Computação
  • recuperação perceptual de imagens por conteúdo e mineração de imagens com suporte de radiômica para sistemas de apoio a diagnóstico
  • Fornecer subsídios para tomada de decisões que levem o especialista médico a elaborar diagnósticos mais precisos, com maior rapidez e segurança, certamente traz benefícios para o tratamento e recuperação dos pacientes. Esse projeto de pesquisa visa atuar nessa direção, com o desenvolvimento de novos algoritmos e técnicas de recuperação de imagens por conteúdo para o processamento de consultas por similaridade, que atendam à percepção de similaridade do usuário. Por meio da integração da abordagem radiômica, que integra um volume importante de dados quantitativos, que aliados a dados qualitativos do paciente, que se processados apropriadamente, podem trazer novos impulsos positivos à área de computação em sistemas médicos. Os resultados desta pesquisa trarão impactos relevantes tanto à área de ciências de computação: por meio de algoritmos de extração de características de imagens e dados complexos de exames médicos, como algoritmos de armazenagem e recuperação eficiente desses dados em bases de dados complexos; quanto à área de medicina, permitindo a construção de sistemas de apoio ao diagnóstico (CAD – Computer Aided Diagnosis) mais precisos e eficientes. O maior beneficiário será o paciente, que receberá tratamentos mais confiáveis, seguros, e mais celeremente.
  • Universidade de São Paulo - SP - Brasil
  • 18/02/2019-28/02/2022